第2艦隊(Second Fleet)とは、ドミニオン戦争に参加した連邦連合軍の艦隊の一つである。
第二次ディープ・スペース・9の戦いの間、第2艦隊機動部隊はカーデシア国境を越え、トーロス3号星にあるドミニオンの造船所を破壊した。第2艦隊はディープ・スペース・9撤退中のUSSディファイアント(NX-74205)とIKSロタランと合流した。このとき、第2艦隊機動部隊は、宇宙艦隊の艦としてはギャラクシー級、ディファイアント級、ミランダ級、エクセルシオ級、セイバー級、アキラ級とスチームランナー級が、クリンゴン艦隊としてはヴォルチャ級、クヴォート級、クティンガ級が参加していた。(DS9: DS9撤退の日)
2374年前半、3ヶ月に及ぶ執拗な戦闘とジェムハダーからの撤退のために、第2艦隊の戦力は3分の1までに減少していた。生き残った艦は、USSディファイアント(NX-74205)、IKSロタランをはじめ、USSエルキンズ、USSフレドリクソン、USSレイジング・クイーン、USSカリーがあった。(DS9: 明日なき撤退)
2374年後半、ベンジャミン・シスコ大佐は第2、第5、第9の機動部隊でDS9奪還作戦を計画していた。宇宙艦隊司令部から作戦実行の許可が出たとき、第2艦隊はコタンカ星系から撤退し、第375宇宙基地に向かっていた。ダマールやウェイユンなどのドミニオン軍は第2艦隊等の動きを注視していた。(DS9: ディープ・スペース9奪還作戦・前編)
DS9奪還作戦時には、連合艦隊にはUSSケンタウロス、USSコルテス、USSフッド、USSマゼラン、USSマジェスティック、USSサレク、USSシタック、USSヴェンチャーが在籍していた。(DS9: ディープ・スペース9奪還作戦・後編)
第2艦隊はベータゼットのドミニオン軍を三度攻撃したが、ドミニオンは常に援軍を要請し、増強を続けていた。(DS9: 待っている女)