連邦・クリンゴン戦争は、2372年に勃発し、2373年までの間に戦われた、惑星連邦とクリンゴン帝国による全面戦争である。
アルファ宇宙域の安定を損ねることを計画した可変種の工作員によってクリンゴン・カーデシア戦争が引き起こされ、その結果連邦とクリンゴンの同盟関係が崩壊したことにより、この戦争が勃発した。しかし、後にドミニオンによる介入が明らかになったことで不安定ながら停戦されたが、ドミニオンがベイジョー・ワームホールを通って本格的に侵攻してくるまで、両国の同盟が再開されることはなかった。
戦争までの背景[]
2370年代初頭、ドミニオンはアルファ宇宙域への侵攻に備え、予め抵抗勢力の力を弱めるために幾人かの可変種工作員を送り込んだ。このような工作員の一人は、2371年にロミュランのタル・シアーとカーデシアのオブシディアン・オーダーをオマリオン星雲の罠に陥れた。この二つの強大な組織が挫かれたことで、ドミニオンへの抵抗の最期の砦は連邦・クリンゴン同盟を残すのみとなった。（DS9: 姿なき連合艦隊・後編）
オブシディアン・オーダーによる監視の目から解放されたカーデシア反体制運動は、2372年初頭にカーデシア中央司令部を転覆させ、文民によるデタパ評議会の権力を回復させることに成功した。その頃、クリンゴンの著名な将軍であるマートクとすり替わった可変種の工作員は、カーデシアでの政変がドミニオンによる工作であったとガウロン総裁に吹聴し、クリンゴン帝国がカーデシア連合を征服しなければ宇宙域の平和が守られないとクリンゴン達は確信していた。（DS9: クリンゴンの暴挙）
同盟の崩壊[]
クリンゴンはベイジョー領域から出ていくすべての船に対して可変種の有無を確認するための強制的な臨検を実施したが、これに対して宇宙艦隊は拒否する姿勢を示した。そんな中発生した、IKSムチャールによる連邦貨物船SSゾザに対する強制臨検の際に、USSディファイアントが威嚇射撃をもって臨検を中止させる事件が発生し、緊張が高まった。 また、連邦評議会はクリンゴンによるカーデシア侵攻を非難した。 これに対してガウロンはキトマー条約の破棄、駐連邦大使の退去、すべての連邦市民のクリンゴン領内からの追放を宣言した。
ディープ・スペース・９に対して攻撃を開始するクリンゴン艦隊
宇宙艦隊のベンジャミン・シスコ大佐がデタパ評議会のメンバーをクリンゴンから救出したことにより、連邦とクリンゴンの間で第一次ディープ・スペース・９の戦いが勃発した。戦いの結果、クリンゴンはベイジョー領域より撤退した。（DS9: クリンゴンの暴挙） しかしながら、ガウロンは依然として連邦は弱腰であり攻略は容易であると考えていた。（DS9: モーグの息子たち）
その後数か月間、クリンゴンはカーデシアとの戦争を継続しながら、自国に隣接する国境に対して攻勢に出て弱い箇所を探し出そうとしていた。（DS9: 苦悩するジェム・ハダー、新たなる戦線） また、彼らは遮蔽した機雷原を設置し、ベイジョー星系を封鎖しようと試みたが、USSディファイアントはクリンゴンのカーンの支援を受けてこれらを破壊することに成功した。（DS9: モーグの息子たち） 連邦評議会はクリンゴンに対してカーデシアから奪ったコロニーを返還するよう継続的に圧力をかけたが、クリンゴンはそれに対して怒りをもって拒絶した。（DS9: 可変種の脅威 第二幕・前編）
ペンタス星系に向かうカーデシアの7つの人道的任務のための輸送船団を宇宙艦隊が護衛した際に、再びクリンゴンと連邦は戦火を交えた。護衛艦の指揮を執っていたクリンゴン人士官であるウォーフ少佐は、戦闘の最中に突如遮蔽を解除して姿を現した民間輸送船を攻撃し撃沈した。これにより、クリンゴンは宇宙艦隊が民間人虐殺を引き起こしたとして連邦の信用を棄損しようとしたが、オドーにより当該の民間船が空船であり、クリンゴンによる策略であることを立証された。（DS9: 裁かれるウォーフ）
開戦[]
2372年の終わり頃、可変種のマートクはガウロンに、一世紀前に解決したはずのアーケイナス・セクターに対する、クリンゴンの領有権を主張させるように影響を与えた。ガウロンは連邦に対して、当該セクターのすべての宇宙基地、軍事施設の放棄を要求したが、それに対してクリンゴンとの国境沿いの連邦加盟国はクリンゴンへの先制攻撃を求めた。連邦評議会はそれを押しとどめ、引き続きクリンゴンとの協議を継続した。
ガウロンはアーケイナスを攻略するための機動部隊を送り込み、宇宙艦隊に対して撤退か開戦かを決める10日間の猶予を与えた。宇宙艦隊とベイジョー軍は戦争に備えて準備を開始した。その間、創設者たちはオドーに対してガウロンが可変種であるという偽の情報を与え、宇宙艦隊がガウロンを暗殺し、本当の可変種であるマートクがクリンゴンを統治下に置くことを期待した。
正体を現すマートクに化けた可変種
2373年初頭、クリンゴンはアーケイナスからベイジョーまでの広い範囲の前線から連邦領域に侵入し、投入可能なすべての戦力を投入した。連邦世界の防御は不十分であることが判明し、宇宙艦隊はその侵攻を遅らせることしかできなかった。USSアームストロングとUSSドレイクはその攻撃の中で重大な損傷を負った艦の一つであった。
ガウロンはクリンゴン軍の本部を要塞強化小惑星タイゴコールに移転させた。オドーからの得られたガウロンが可変種であるという情報に基づき、宇宙艦隊はベンジャミン・シスコ大佐率いる潜入チームが、カーデシア軍のデュカットが捕獲したバード・オブ・プレイを使ってタイゴコールに侵入し、クリンゴン達にガウロンが可変種であることを明らかにしようとした。しかし、潜入チームは最終的にクリンゴンに潜入した可変種が実際にはマートクであるということを突き止め、その可変種はクリンゴン達によって殺された。
ドミニオンによる工作が明らかになった後、ガウロンは帝国がこの戦争で獲得したアーケイナス4号星含むその他の領域を併合することに連邦が同意しない限り、戦争を終わらせることについては消極的な態度であった。しかしながら、シスコ大佐はガウロンに対してまずは停戦の後に、和平協議の中で決着をつける問題であると説得し、ガウロンはクリンゴン最高評議会への申し入れに同意した。（DS9: 可変種の脅威 第二幕・前編、可変種の脅威 第二幕・後編） しかし、多くのクリンゴン達はドミニオンによる工作という証拠があるにも関わらず、帝国の勝利への確信から戦争継続を求めた。（DS9: 享楽の星・ライサ）
数週間後、おそらくガナルダ4号星での敗北に対する復讐としてクリンゴン軍がアジロン・プライムの連邦植民地を攻撃した際に、停戦は一時的に反故にされた。再び停戦となるまでに多くの入植者が殺され、惑星はほぼ壊滅した。救援のために送られたUSSファラガットもまた、ランバタ星団近くで撃沈された。宇宙艦隊はアーケイナス・セクターを攻略する艦隊を編成し、その中にはUSSテカムセとUSSラトリッジが含まれていた。（DS9: 戦う勇気）
回復した同盟[]
2373年中盤、情勢の予想外の変化により連邦とクリンゴンは紛争を解決することを余儀なくされた。カーデシアのガル・デュカットが自身をカーデシアの代表とし、カーデシア連合のドミニオンへの統合を発表した。それに伴い、ジェムハダー艦隊がベイジョー・ワームホールを通過してカーデシアとクリンゴンの戦争に参加した。最初の3日間でクリンゴンは重大な損失を被り、ガウロンはカーデシアの領域からの一時期な撤退を命じた。
ガウロンと彼の被害を受けた艦隊はディープ・スペース・９に到着し、ベンジャミン・シスコ大佐は彼に対しキトマー条約を復活させ、宇宙艦隊と共にドミニオンに対抗することを提案し、受け入れられた。 同盟関係が回復したことで、クリンゴンは371捕虜収容所から救出された本物のマートク将軍指揮下の艦隊をDS9に駐留させることとした。（DS9: 敗れざる者・後編）
余波[]
創設者による連邦・クリンゴン間の同盟の混乱は一時的なものとなったが、2つの勢力間で行われた戦争は両者に多大なコストを負担させた。ドミニオンがアルファ宇宙域に本格的な進出を果たした時点で、宇宙艦隊の力ではドミニオンを撃退することは不可能であると評価されるくらいに消耗していた。（DS9: 敗れざる者・前編） 両勢力は後のドミニオン戦争が開始された最初の月に、ドミニオンの侵攻に抵抗するため多大な犠牲を強いられた。（DS9: 明日なき撤退）
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