亜空間不安定（subspace instability）とは亜空間現象のひとつである。
ヘカラス・セクターではそこら中で亜空間不安定が確認され、ワープ航行を続ければ亜空間断層が形成されてしまうと予想された。（TNG:危険なワープ・エネルギー）
タイプ4量子特異点の事象の地平面を宇宙艦が通過するとその裂け目に亜空間不安定が発生する。USSヴォイジャーは、地平面をワープ粒子で飽和させることによってその亜空間不安定をセンサーでとらえることが出来た。（VOY:ブラックホールからの脱出）
亜空間不安定はワームホール出現の名残としても観測される。USSヴォイジャーはバーザン・ワームホールの口を再び開かせるため、亜空間不安定をヴァーテロンで刺激し増幅・分極させた。（VOY:救世主フェレンギ）